Послевоенное возрождение
После войны собор уже был в упадке, и реставрировать его, а точнее колокольню, начали лишь в 1989 году. Деньги на ремонт быстро закончились, и больше их не выделяли. В стране очередной раз наступили сложные времена. Сооружение постепенно разрушалось, и в 1996 году его передали в Рыбинскую епархию. Служения в нем продолжались в колокольне на нижнем ярусе, зимой там температура была не выше 0 градусов.
В 1999 году архивы, все еще находящиеся в соборе, вывезли, и здание церкви вернулось в Ярославскую епархию. Было оно в удручающем состоянии. Реставрировать церковь начали в 2003 году. Службы проводили в трапезной-галерее, которая соединяла храм и звонницу. Также открыли воскресную школу. А в 2007 году собор был освящен архиепископами Ярославским и Ростовским.